En la Villa de la Fregeneda pueden hallarse como hallazgos más antiguos la Mesita de los Curas (probablemente un santuario prehistórico) en la foz del Águeda, la fuente del Pozabajo (reputada como fuente romana), tumbas dispersas en la zona del Gusendo y próximas a la ribera de Froya (tal vez visigóticas como las que se hallan muy próximas en el Término municipal de Hinojosa de Duero).
No consta hasta ahora otro tipo de hallazgo que asegure la presencia de pobladores romanos o árabes en su término municipal.

Las referencias históricas más antiguas de que se tiene noticia es que La Fregeneda ya existía en el s. XV (en la lista de poblaciones del Obispado de Ciudad Rodrigo), menciones anteriores están en estudio pero no pueden por ahora certificarse. Sí es de pensar que por estos términos pasaría algún tipo de comunicación entre la Sede Episcopal de Caliabria (a la vera del Duero entre la foz del Coa y la del Águeda) y los poblados del actual Abadengo (dependientes de ella hasta la creación del Obispado Civitatense) y que bien podría coincidir con la Calzada Vieja que unía La Fregeneda al resto de la comarca del Abadengo (La Finoiosa. Sancta María ad Limina, etc.), y el estratégico paso de San Martín, en el Águeda.
 

Un becerro del Archivo Episcopal civitatense, que comienza en 1389 menciona entre las parroquias que pagaban los «diezmos» substitutivos de la obligación de hospedar y alimentar («mansionaria et yantar») figura Fresneda del Barco, que bien podría ser ya La Fregeneda. Se sabe que el segundo obispo de la diócesis civitatense, Martín (1190-1211) mandó construir un castillo en la parte baja de la foz del Águeda, pero no se sabe si en lo que es hoy territorio luso o en territorio español.

También hay referencias del siglo XII a torres y atalayas de vigía próximas a Hinojosa (la toponimia, una de las mejores herramientas de que se dispone para rastrear estos siglos a falta de otras fuentes de información, da cuenta en La Fregeneda de dos lugares como La Atalaya, Atalaya de Zamubullo y Castelmoro, lugares de espléndida divisa de la frontera natural que por entonces se protegía).

Se dice que durante los siglos XII-XIII la comarca (ya consolidada su repoblación especialmente por la obra de Fernando II de León) perteneció a la Orden de los Templarios, que la regían a través de una abad (o abadón), del que la comarca ha tomado su nombre. Esta noticia, la pertenencia a los Templarios, es muy discutible y no está documentada. Toda la documentación hace pensar que esta zona estuvo siempre ligada a la diócesis de Ciudad Rodrigo y sus villas bajo el señorío de los prelados mirobrigenses. La Fregeneda estaba ya incluida en esta región ya que aparece como lugar poblado en el siglo XV. No existen aún noticias de quién concedió el título de Villa de La Fregeneda y menos aún de cuándo. El caso es que en el más antiguo documento que conserva el Archivo Municipal (remontable a marzo de 1577) ya se da como hecho que La Fregeneda es Villa.
Según recoge Hernández Vegas en su historia de Ciudad Rodrigo y su catedral consta que en 1534 don Juan Gómez de Silva, arcediano de Sabugal, cedió a la Catedral del «riquísimo beneficio de La Fregeneda que producía 200.000 maravedíes con lo que criaban niños expósitos».

En 1564 el Papa Gregorio XIII concedió al Rey don Felipe II la facultad de segregar dominios de la jurisdicción eclesiástica para financiar las campañas del Rey en pro de la fe católica. En 1574, a petición de los habitantes de la Villa y por temor a que algún particular se quedara con ella, el Rey don Felipe II la segrega de la jurisdicción temporal del Obispo de Ciudad Rodrigo y le concede privilegio para nombrar Alcaldes, Regidores, Procuradores y otros oficiales municipales según carta de privilegio de que aún dispone el Ayuntamiento de La Fregeneda. El Obispo se reservó diferentes fincas, entre ellas la Quinta de San Martín y su cañal en el Águeda. De este modo, La Fregeneda quedó constituida como Villa de realengo. Actualmente hay de este Privilegio en el Ayuntamiento una copia de tiempos del Rey don Carlos II, ya que el original, como otros documentos municipales y parroquiales, se perdieron en las Guerras de Portugal en la segunda mitad del siglo XVII.
 

Por estas fechas se inicia la construcción de la Iglesia; al menos la Capilla Mayor puede remontarse a la segunda mitad del siglo XVI. En la obra de Antonio Casaseca La provincia de Salamanca, se lee que la construcción de la capilla mayor se contrató en 1560 al cantero Pedro de Gamboa, aparejador de Rodrigo Gil de Hontañón, quien la traspasó a Francisco Rodríguez.

De mediados del siglo XVI hay noticias de estudios y planes para hacer navegable el Duero en tramo portugués bajo el reinado de don Juan II de Portugal. Hay ya fondeaderos en el río en territorio español, entre ellos el de Vega Terrón. De 1580-1598 son los estudios en Castilla para hacer navegable el Duero en su recorrido por tierras de la Corona de Castilla. Probablemente sean de esta época ya la barca en el Duero en el fondeadero de la Casilla de los Arrieros, hoy inexistente por hallarse los restos de la vieja mina de estaño.
 

En este mismo Privilegio, arriba citado, se hace mención del alcaide de la fortaleza, que junto a los otros alcaldes y magistrados, era nombrados por el Obispo. Consta, pues, la existencia de una fortificación o castillo ya en el siglo XVI y en el XVII, a mediados del cual fue derribado el viejo castillo y reconstruido otro tomando la actual Iglesia como centro, en lo que hoy es la Plaza de España. Hasta ahora no hay noticias de la fecha de construcción del castillo de Fregeneda, pero ha de remontarse bastante antes del S. XVI, a los tiempos de la baja Edad Media con los enfrentamientos entre Castilla y Portugal, ya que desde aquí se divisaba la importante fortaleza de Castelo Rodrigo en Portugal y se controlaban los pasos de San Martín y del Vado de la Barca, sitos en el término de nuestra Villa en el Águeda.

Durante los siglos XVII se produjo la Guerra de Secesión de Portugal y en ella fue importante el papel que correspondió a todo el Abadengo, y a La Fregeneda en cuanto que contaba con una fortaleza y en su término había dos importantes pasos que custodiar. En noviembre de 1664 se produjo la quema y saqueo de La Fregeneda por los portugueses, como se indica en los libros y registros parroquiales (en la actualidad en el Archivo Diocesano de Ciudad Rodrigo).

Durante la Guerra de Sucesión a la Corona de España, los ejércitos que apoyaban la causa del Archiduque de Austria ocuparon la región y entraron en La Fregeneda en 1707. Un siglo más tarde, en 1809, también los franceses, durante la Guerra de la Independencia, entraron en la Villa. El volumen correspondiente a Salamanca del Diccionario geográfico-estadístico-histórico de Madoz incluye referencias a este punto, sabiéndose por él que fue aquí donde la infantería de don Julián Sánchez se incorporó al ejército británico a principio de mayo de 1811 y donde tuvo el duque de Wellington su cuartel general en septiembre del mismo año. Se cuenta también que durante la Guerra de la Independencia los ingleses emplearon el fondeadero de Vega Terrón para transportar desde Oporto piezas de artillería por el río.

 

Concluida la Guerra de Secesión de Portugal, se continúa con la construcción de la Iglesia. Según los libros de Fábrica de la Parroquia las partidas para los retablos actuales del templo son de 1697 a 1703 para los altares mayor y de Nuestra Señora de la Paz; se pagan a José Toledo y, en menor medida, a Juan Conde. Probablemente de estas mismas fechas sea el retablo del Santo Cristo, aunque las referencias de los libros parroquiales son confusas

Las bóvedas y sus pinturas, los confesionarios y la torre quedaron concluidos tal vez en 1746 aunque se siguen pagando partidas años más tarde.

Hay constancia de que en la Villa hubo varias ermitas (la de San Sebastián, la del Santo Cristo del Humilladero, la del Cementerio Viejo, la de San Martín, probablemente en la finca de su mismo nombre, la del Santo Cristo de las Ánimas y la de Santa Olalla). Gran parte de ellas arrastraban ya estados ruinosos desde las Guerras con Portugal, según constan en los libros de Fábrica parroquiales. Los restos del viejo cementerio aún se vislumbran en la Atalaya.
 

El siglo XIX trae a La Fregeneda tres grandes obras: la construcción del Muelle de Vega Terrón entre 1856 y 1860, la de la carretera que une el Muelle de Vega Terrón con Salamanca entre febrero de 1857 y en 1860) y la de la Vía Férrea, iniciada el 31 de agosto de 1883 e inaugurada el 8 de diciembre de 1887 con la asistencia de Su Alteza Real la Infanta dona Isabel de Borbón.

Durante el siglo XX La Fregeneda mantiene hasta la década de los setenta un buen nivel de población. Tras estos años hay un progresivo declive económico: el cierre de la mina de estaño, la marcha de la guardia civil, el cierre de la vía férrea y el abandono de gran parte de la actividad agraria. Nuevas expectativas se crean con la construcción del nuevo Muelle de Vega Terrón (con grandes perspectivas) y la inminente construcción de un puente internacional sobre el Águeda para crear una vía de comunicación con Oporto.